牛奶和酸奶在蛋白质、钙、肠道健康及其他营养成分方面各有优势，无法简单地评判哪个营养价值更高，应根据个人的营养需求和身体状况合理选择和搭配食用。
1、蛋白质含量与质量：牛奶和酸奶都富含优质蛋白质，牛奶中的蛋白质含量相对稳定，酸奶在发酵过程中蛋白质会发生一定程度的变性，但总体含量相近，而且酸奶中的蛋白质由于发酵作用，更易于被人体消化吸收。
2、钙及矿物质吸收：两者均是钙的良好来源，对于骨骼健康至关重要，牛奶中的钙以游离态存在易于吸收，酸奶中的乳酸能与钙结合，形成乳酸钙，生物利用率更高，酸奶发酵过程中对其他矿物质的影响较小，能较好地保留营养价值。
3、益生菌及肠道健康：酸奶中含有丰富的益生菌，这些益生菌可以调节肠道菌群平衡，增强肠道免疫力，促进肠道蠕动，预防和改善便秘等肠道问题，牛奶中基本不含益生菌，在这方面对肠道健康的直接影响相对较小。
4、维生素及其他营养成分：牛奶富含维生素B2、B12等多种维生素，且含量相对稳定，酸奶在发酵过程中，维生素B1、B6等的含量可能会有所增加，酸奶中的乳酸等有机酸有助于提高某些营养成分的生物活性，对身体健康具有积极意义。
选择牛奶和酸奶时，要注意产品的质量和新鲜度，对于乳糖不耐受的人群酸奶可能是更好的选择，要注意控制摄入量，避免因过量食用导致热量摄入过多等问题。