正常情况下，用双氧水洗耳不会侵入脑子里。耳朵与大脑之间存在着完整且严密的生理屏障结构，只要耳部结构没有严重破损，双氧水仅作用于外耳道及中耳部分区域。不过了解耳部构造和正确操作方法，对避免意外情况发生很重要。
人的耳部由外耳、中耳和内耳组成，内耳与颅脑虽相邻，但中间有坚硬的骨质和多层膜性结构相隔。外耳道尽头是鼓膜，将外耳道与中耳隔开，正常鼓膜完整且具有一定韧性，能有效阻挡液体进入中耳；而中耳和内耳之间又有特殊的结构，如卵圆窗、圆窗膜等，进一步阻止异物和液体随意进入内耳。当使用双氧水洗耳时，只要鼓膜没有穿孔，双氧水只会在外耳道内发挥清洁、杀菌作用，不会突破重重屏障进入脑子里。
但在一些特殊情况下，比如鼓膜存在穿孔，尤其是较大的穿孔，或者中耳存在病变导致耳部原有屏障功能受损时，用双氧水洗耳就需要谨慎。若操作不当，双氧水可能会通过穿孔的鼓膜进入中耳腔，进而有可能对内耳造成刺激，引发眩晕、耳鸣等不适症状。不过即便如此，其也很难直接侵入脑子里，因为还有内耳与颅脑间的结构作为最后防线。
正确使用双氧水 洗耳至关重要，洗耳前要确保外耳道没有活动性出血，且鼓膜完整。洗耳时，患者可侧卧，将患耳朝上，用注射器吸取适量医用双氧水，缓慢注入外耳道，让双氧水与外耳道壁充分接触，待其产生泡沫后，静置数分钟，再将头偏向另一侧，让双氧水自然流出，最后用干净棉签轻轻擦拭外耳道口。