藿香正气滴丸和藿香正气水的区别在于剂型不同，两者的药物组成和功效大多都相同，都是以藿香为主药，属于同一种方剂的不同剂型，但是藿香正气滴丸不含乙醇。
藿香正气滴丸和藿香正气水主要成分为广藿香油、紫苏叶油、白芷、苍术、厚朴(姜制)、生半夏、获苓、陈皮、大腹皮、甘草浸膏等，具有解表化湿、理气和中等功效。用于外感风寒、内伤湿滞、头痛昏重、脘腹胀痛、呕吐泄泻、胃肠型感冒等。
但是藿香正气滴丸是一种新剂型，口感比较好，不含乙醇，妇女、儿童、高血压患者都适用。起效快，固体分散技术，快速溶出，快速起效。还易携带，滴丸剂型，不怕挤压。如果惧怕中药苦味、胃肠道功能欠佳者，可以在医生指导下选择藿香正气滴丸。
在服用药物期间，应该忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物，饮食宜清淡，不宜在服药期间同时服用滋补性中药。
有高血压心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者应在医师指导下服用。儿童、孕妇哺乳期妇女、年老体弱者应在医师指导下服用，吐泻严重者应及时去医院就诊。
另外，藿香正气水含乙醇(酒精)40% -50%，服药后不得驾驶机、车、船、 从事高空作业、机械作业及操作精密仪器。