怀孕45天有褐色分泌物，可能由正常生理变化所导致，也可能是由先兆流产、宫外孕、妇科疾病、血液病等原因造成。孕妇需要明确具体情况，然后进行针对性治疗。
1、正常生理变化：在停经45天进行B超的检查，如果确定是宫内孕后，同时没有其他不适症状，可能是孕早期的生理变化。孕早期，激素水平波动较大，可能会导致子宫内膜出现部分或少量的不规则脱落。一般表现为少量出血，流出速度较慢，并因血液在宫腔内或阴道内存留时间较长，呈现褐色。此时孕妇充分休息即可，不必过于担心；
2、先兆流产：如果孕妇褐色分泌物增多，同时伴有下腹部疼痛等不适症状，需要考虑先兆流产的可能。先兆流产多发生于发育异常的胎儿，此时可以进行人绒毛膜促性腺激素测定、孕酮测定等检查项目，确诊是否为先兆流产；
3、宫外孕：如果孕妇存在宫外孕情况，也可导致怀孕45天有褐色分泌物。此时需要行B超检查，若未见到宫内妊娠囊，考虑异位妊娠，应在专业医生指导下终止妊娠；
4、妇科疾病：如果孕妇患有一些妇科疾病，也会导致出血，从而出现怀孕45天有褐色分泌物的症状 ，如宫颈息肉、阴道壁息肉等。此时需要去医院完善相应检查，了解出血的部位，看是否是因为阴道或宫颈病变导致出血；
5、血液病：如果孕妇患有一些血液病，如凝血功能异常、促凝血功能亢进等，也可能出现怀孕45天有褐色分泌物的症状。此时孕妇要及时完善相应血液检查，并重点关注凝血因子、血小板、凝血酶的量和活性等情况。