内毒素与外毒素都属于细菌毒素，二者的区别主要有来源不同、化学成分不同、引起症状不同、毒性作用不同、抗原稳定性不同等。
1、来源不同
外毒素属于可溶于水的生物毒素，由细菌等微生物在细胞外部产生并释放。内毒素是由细菌、真菌等微生物在细胞内生长或衰亡时释放的毒性物质；
2、化学成分不同
外毒素的主要成分为蛋白质，而内毒素是复合物，由磷脂-多糖-蛋白质等主要成分组成；
3、引起症状不同
不同的外毒素引起不同的症状，可能会引起肌肉的痉挛和强直，导致心肌炎、肾上腺出血和神经麻痹等，各种内毒素引起的症状大致相同，一般会表现为发热；
4、毒性作用不同
外毒素的毒性作用较强，能引起宿主特殊病变且不易引起发热，可抑制蛋白质合成，具有细胞毒性、神经毒性等。内毒素的毒性作用相对较弱，常引起机体发热、弥散性血管内凝血、粒细胞减少症以及施瓦兹曼现象等；
5、抗原稳定性不同
外毒素的抗原成分比较单一，易被高温、强酸强碱破坏掉。内毒素化学成分比较复杂，性质较稳定、耐热。
当身体受到内毒素或外毒素影响，产生相应不适症状时，建议及时就医接受治疗。