头顶有坑凹陷的原因可分为生理性凹陷和病理性凹陷，其中病理性凹陷包括头部撞击肿胀、头颅外伤、颅骨手术，以及颅骨肿瘤等。如果是后者引起，建议及时去医院神经外科就诊，在医生指导下根据原因进行治疗。
一、生理性凹陷
常见于儿童，小儿卤门多在12-18个月内闭合，未闭合时可见头顶有凹陷。也可见于颅顶骨萎缩症又称对称性颅顶骨凹陷症，是一种慢性进行性老年性骨病，多发生在中老年人，女性多见。除此之外，个体颅骨发育差异也会导致颅骨在融合过程中出现生理性凹陷，一般无需特殊处理。
二、病理性凹陷
1、头部撞击肿胀：可能是走路时不注意，头顶部位撞击到了硬物，导致局部软组织肿胀，甚至形成血肿，并突出于皮肤表面，与正常组织相比，局部有凹陷。可遵医嘱进行冰敷消肿，之后再热敷缓解症状，严重时可能需要手术切开消除血肿；
2、头颅外伤：常见于外伤导致的颅骨闭合性凹陷骨折，儿童较多，尤其是婴幼儿颅骨弹性较好，钝性的致伤物，可引起颅骨凹陷，但头皮完整无损，类似乒乓球样凹陷，亦无明显的骨折线可见。患儿多无神经功能障碍，无需手术治疗。如果凹陷区较大较深，或有脑受压症状和体征时，可于凹陷旁钻孔，小心经硬膜外放入骨撬，将陷入之骨片撬起复位。成年人单纯凹陷骨折较少，如果面积小于5cm直径，深度不超过1cm，末伴有神经缺损症状和体征，亦无手术之必要。若凹陷骨折过大过深，伴有静脉窦或脑受压征象时，则应手术整复或摘除陷入之骨片；
3、颅骨手术：可能与头部进行过颅骨外科手术，去除了部分颅骨，导致局部颅骨缺失有关，从而头顶或局部出现凹陷。建议平时注意护理好手术部位，避免再次受损；
4、颅骨肿瘤：头顶有坑凹陷也可见于部分颅骨肿瘤，向颅内生长并突出于表面所致。需诊断明确，在确定具体位置后遵医嘱进行手术切除，并活检明确肿瘤性质，以便进行进一步治疗。
如果头顶有坑凹陷，并伴有明显疼痛不适，需及时去医院就诊，医生会根据自身情况进行相应的处理。