通常适量服用初乳碱性蛋白，并没有较大的副作用，该物质容易被人体吸收，可起到促进骨骼新陈代谢的作用。但如果患者不能耐受初乳碱性蛋白，或过量服用该物质，可能产生恶心、呕吐、腹胀、腹泻等副作用。
初乳碱性蛋白的分子量较小，活性较高，易被人体吸收，可直接作用于骨骼细胞，促进骨骼新陈代谢，其中的免疫球蛋白及其他的生长因子和活性物质，有助于帮助患者提高自身的免疫力和抵抗力，对胃溃疡、胃炎、口腔溃疡、便秘等病症有一定治疗效果，因此上述疾病的患者可以适量补充初乳碱性蛋白。但部分患者，如乳糖不耐受患者，体内缺乏消化乳糖的乳糖酶，或大量服用初乳碱性蛋白，机体无法完全消化乳糖，可能出现恶心、呕吐、过敏、腹胀、腹泻等副作用，此时建议患者立即停止使用，以免加重自身症状。
患者服用初乳碱性蛋白时，需注意营养均衡，多食用清淡、易消化的食物，如小米粥、面条、草莓、苹果、黄瓜、西红柿等，多食用富含维生素的食物，如胡萝卜、橙子等，保证充足的营养摄入。