菠萝蜜香甜可口，营养价值较高，但为健康着想，菠萝蜜内芯发黑果肉正常不建议吃，避免引起胃肠道不适。平时尽量吃新鲜、没有变质的菠萝蜜，营养价值较高，口感较好。
一般情况下，菠萝蜜的果肉呈黄色，内芯一般是白色，并不会发黑。如果菠萝蜜内芯出现发黑的情况，可能是由于存放时间过久、气温过高等因素，造成内部腐败和变质的情况。这时菠萝蜜中的果肉，也可能滋生较多的细菌和霉菌，一般不能再吃，否则可能会对人体健康造成影响。例如细菌、霉菌进入胃肠道，可能会诱发急性肠胃炎，导致恶心、呕吐、腹泻等症状，对人体健康不利。
另外，菠萝蜜中含有维生素C、钾、镁、膳食纤维等成分，适量进食可以补充人体所需的营养物质。但菠萝蜜中糖分含量也较高，建议患糖尿病人群减少摄入量，否则可能会导致血糖控制不稳，引起病情加重。