同房后尿道疼痛，小便刺痛在临床上还是比较多见的，主要与泌尿生殖系统的病症有关，临床常见于泌尿系感染、急性尿道炎、慢性前列腺炎等。
1、泌尿系感染：最常见于急性膀胱炎，多见于女性患者。由于女性尿道口临近阴道口，因此，卫生条件不好，清洗外阴方法不正确，或男方包皮炎、包皮垢较多，同房时细菌就会由尿道口逆行感染膀胱而造成急性膀胱炎。女性同房后就会出现尿道疼痛、小便刺痛。如果症状比较轻，可以通过多喝水、多排尿缓解症状。如果症状较重，持续时间比较长，需要口服头孢类或喹诺酮类抗生素如头孢克洛、左氧氟沙星等进行治疗；
2、急性尿道炎：以淋球菌性尿道炎，也就是“淋病”为多见，是最常见的性传播疾病之一。往往在不洁性交后3天左右即可发病，表现为尿道口红肿，流脓性分泌物，并伴有尿道疼痛、小便刺痛，男性更多见，而且症状明显。有时女性的症状不是很典型。需要到正规公立医院皮肤性病科和泌尿科诊治，结合病史和症状，检查尿道分泌物，如果在分泌物涂片中发现大量的白细胞，白细胞内有革兰氏阴性双球菌，一般可以确诊，可以应用头孢类或者是大环内酯 类的抗生素进行治疗；
3、慢性前列腺炎：多见于性生活过于频繁的青年男性，除同房以后尿道疼痛和小便刺痛外，同时伴有排尿不畅的症状如尿等待、尿无力，会阴部的坠胀不适以及全身乏力等。注意减少性生活，少吃辛辣、刺激的食物，多喝水、勤排尿、多运动，有助于病情康复。