如果查出尿培养粪肠球菌，只要及时治疗，通常不严重。尿培养是指对正常尿液里的细菌进行培养，而粪肠球菌是一种产乳酸革兰氏阳性需氧菌，或兼性厌氧，可耐受多种抗生素，对生存环境要求较低。
在正常情况下，粪肠球菌寄生在大肠，与大肠杆菌一样，是肠道中较为常见的两类细菌，具有抑制其它致病菌的作用。当尿路系统抵抗力较弱时，粪肠球菌也会侵犯尿路系统。目前临床上的部分医疗操作，如插导尿管、膀胱镜检查等，也会引起尿路中的粪肠球菌感染。如果发生粪肠球菌感染，可以使用盐酸环丙沙星片、诺氟沙星片、氧氟沙星片、盐酸莫西沙星片等进行治疗，治疗效果较好，一般5-7天后症状消失，通常复查尿常规正常，即为治愈，所以查出尿培养粪肠球菌相对比较容易治疗，并不严重。
综上所述，相对泌尿系统的绿脓杆菌，以及其他真菌、细菌感染来说，粪肠球菌感染不算严重，但也需要及时治疗，否则感染上行到达肾盂肾炎，会造成严重的全身症状，包括发热、恶心、呕吐、腰痛等，治疗会更加困难。