脂溶性辅酶Q10和水溶性辅酶Q10的区别在于药物的吸收速度，辅酶Q10脂溶性比水溶性吸收更快，更容易快速发挥药物作用，患者应在医生指导下根据自身情况选择药物。
辅酶Q10属于一种抗氧化剂，包括脂溶性以及水溶性两种，具有抗心肌缺血、抗心律失常、抗心衰等作用，可用于病毒性心肌炎、病毒性肝炎、慢性心功能不全等疾病的辅助治疗，也适用于癌症的综合治疗，可以减轻放、化疗引发的不良反应。
由于脂溶性辅酶Q10本身属于脂溶性，可吸收物质主要通过主动转运方式，因此易被吸收。而水溶性仅可以溶于水，因此吸收速度会相对较慢，同时药物在体内停留时间较长，因此药物吸收时间较长。
此外，辅酶Q10还可针对阿奇霉素的毒性作用产生抵抗，减轻症状，遵医嘱使用还可减轻冠心病等心脏疾病导致的心绞痛，心电图检查有所改善。癌症患者做放、化疗后，可出现恶心、呕吐等，遵医嘱联合使用辅酶Q10可有所缓解。
但使用辅酶Q10也可引发恶心、胃部不适、食欲减退等不良反应，一般不需要停药，经过一段时间用药后大多可以适应。注意应当遵医嘱按量、按疗程使用，以免过量用药而增加药物不良反应。