交通心肾胶囊在医生指导下应用时，并不会产生严重的副作用，但是如果自行盲目用药，则可能会引起胃肠道不适、机体乏力、过敏反应、加重上火、肝肾损伤，应注意遵医嘱用药。
1、胃肠道不适：如果过量应用交通心肾胶囊，可能会造成胃肠道不适，引起恶心、呕吐、腹胀、腹痛、腹泻等症状；
2、机体乏力：长时间应用交通心肾胶囊，容易出现机体困倦乏力、全身麻木等表现，精神萎靡不振；
3、过敏反应：因个人体质不同，部分人群长时间应用交通心肾胶囊后，可能会诱发过敏反应，出现皮肤风团、鼻塞流涕等表现；
4、加重上火：若长时间过量应用交通心肾胶囊，有可能诱发机体上火，出现口舌生疮、目赤红肿、咽干咽痛的情况；
5、肝肾损伤：药物多由肝肾代谢后排出体外，如果长时间过量用药，会加重肝肾代谢负担，进而造成肝肾损伤，不利于身体健康。
因此，应遵医嘱按剂量、按疗程规范用药，不可自行随意增减药量，以免造成不良影响。