有孔毛细血管见于胃肠黏膜、某些内分泌腺和肾小球等处，其中孔位于内皮细胞胞质不含核的部分，因为这些部分较薄，可形成贯穿细胞全层的圆形或椭圆形小孔。身体不同部位、器官的有孔毛细血管并不完全相同，孔的大小、数目和分布同样存在差异，例如部分孔上可有较薄的隔膜封闭，部分孔上不存在隔膜。
有孔毛细血管在发热时体温调节机制的研究中起到一定作用，例如致热信号可通过下丘脑终板血管器入脑，终板血管器位于第三脑室壁视上隐窝上方，紧靠体温调节中枢，由于此处毛细血管属于有孔毛细血管，通透性较大，内生致热原可由此弥散入血管周隙。因此，有孔毛细血管可能是内生致热原作用于体温调节中枢的主要通路，最终导致发热。