苦瓜籽没有毒性，一般情况下可以吃，不会对身体产生伤害，而且有一定的好处，但是需要避免过量吃。
苦瓜籽通常是指苦瓜当中的籽，其本身没有毒性，而且含有一定的营养物质，比如蛋白质、碳水化合物、脂肪及纤维素，这些营养物质对身体有一定的好处，食用苦瓜籽可以补充人体消耗所需的营养物质。但不易过量吃，以免增加胃肠道负担，引起消化不良，比如出现恶心、腹痛等，从而干扰到营养物质的吸收和利用。
苦瓜籽可以通过生吃的方式吃，也可以通过温水冲服的方式吃，需要把苦瓜子晾干后放在砂锅当中炒熟，使苦瓜子的表面呈现微黄，然后研成粉末后使用温水冲服，有助于营养物质吸收以及利用。