虽然无花果干是一种耐储存的食品，但也有其保存期限。一旦超过合理的保存时间，比如三年，出于健康考虑，应当丢弃而不食用。
在食用任何长时间保存的食品之前，都应该进行细致的检查。如果无花果干出现表面有明显的霉斑、散发出异常气味、质地变得过于潮湿，或有虫蛀痕迹等，则不建议食用。
如果无花果干存放的时间过长，营养成分会逐渐流失，营养价值下降。干燥食品在长时间存放过程中，容易受到空气中的湿气影响而吸潮，导致发霉。
霉菌不仅会影响食物的味道和外观，更重要的是霉菌会产生毒素，如黄曲霉素，对肝脏有害，即使无花果干没有明显的霉变现象，长时间存放也可能滋生肉眼不可见的微生物，从而增加食物中毒的风险。
为了确保无花果干的新鲜度和安全性，正确的保存方法非常重要。应将无花果干置于干燥、阴凉的地方，避免阳光直射。最好将无花果干密封保存，可以使用带有密封条的塑料袋或玻璃罐。如果条件允许，可以将密封后的无花果干放入冰箱冷藏保存，可以进一步延长其保质期。