临床并没有耳朵囊肿用什么药膏最好的说法。如果耳朵部位出现囊肿，且囊肿较小，可以先观察，如果囊肿较大，可能需要手术切除，然后遵医嘱辅以药物进行治疗。常用的药膏有红霉素软膏、莫匹罗星软膏、重组人表皮生长因子凝胶(酵母)等。
1、红霉素软膏：如果是手术切除囊肿后，通常会损伤到周围的皮肤组织，有可能会导致局部皮肤出现感染，对此可以按照医嘱使用红霉素软膏，以减轻局部炎症反应。
2、莫匹罗星软膏：为局部外用抗生素，适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染。对于耳部的囊肿，若出现刺痛、红肿等症状，可以在医生的指导下辅以莫匹罗星软膏涂抹治疗，以预防感染。
3、重组人表皮生长因子凝胶(酵母)：切除囊肿后，通常会造成局部组织损伤，需要遵照医嘱使用促进创面愈合的药膏，适当缩短恢复时间，如重组人表皮生长因子凝胶(酵母)，可以促进表皮组织生长，加快愈合速度。
除以上常见的药膏外，还可以在医生指导下使用地奈德乳膏、维A酸乳膏、甲硝唑凝胶、他克莫司软膏等，建议患者前往耳鼻咽喉科就诊，完善视诊、皮肤镜等检查，明确检查结果后，选择合适的药物，切不可私自盲目用药。