临床上血清C肽是胰岛素产生过程中分离出的产物，其水平波动性比较小，可以间接反映自身胰岛素分泌水平，特别是糖尿病患者使用胰岛素治疗时，若要估计自身胰岛素分泌水平，需要靠测定血清C肽的数值来判断。当出现低血糖时，若血清C肽值超过正常水平，可能是胰岛分泌胰岛素过多，体内糖分被过量消耗所导致。若血清C肽值在正常水平，则可能是其他原因导致。
测定血清C肽的水平后，再结合血糖和胰岛素释放试验，有助于明确糖尿病的分型，以及指导临床治疗。1型糖尿病患者空腹血清胰岛素和C肽均低于正常值，口服葡萄糖后无高峰出现。2型糖尿病患者的血清C肽和胰岛素可正常或稍高，刺激后高峰延迟出现。轻型糖尿病患者如果空腹血糖升高得不明显，血清C肽大多处于正常范围内，如果是有胰岛素瘤的患者，血清C肽多升高。严重的糖尿病患者空腹血糖＞7mmol/L时，或者出现糖尿病酮症酸中毒时，血清C肽会降低。
在测定血清C肽前要尽量清淡饮食，忌烟酒，检查前一天晚上10点后不要再进食和饮水，第2天空腹进行检查，避免由于食物因素而影响检查结果，影响对于疾病的判断和治疗。