白萝卜发苦的原因多种多样，包括化学物质异硫氰酸盐的含量、品种差异以及生长环境等。在食用前，应判断白萝卜是否因变质而发苦，如果是则不宜食用。对于非变质原因导致的苦味白萝卜，可以通过焯水、食盐或小苏打处理以及选择合适的烹饪方法来去除苦味。
白萝卜中含有异硫氰酸盐，是一种天然的防御性化合物，可以帮助白萝卜抵御外部的病菌和害虫，当白萝卜受到损伤或切割时，细胞内的酶会与其它化合物反应，生成异硫氰酸盐，从而产生辛辣和苦味。
此外白萝卜的苦味也与其生长环境密切相关，在较为干旱或寒冷的条件下生长的白萝卜，由于受到逆境的刺激，会产生更多的异硫氰酸盐，因此更加苦涩，如果白萝卜发苦是因为品种差异或生长环境导致的，且白萝卜本身没有变质，这种苦味的白萝卜是可以食用的。
如果白萝卜因为变质而发苦，则不建议食用，变质的白萝卜中，糖分可能被细菌微生物分解，产生腐败味道和具有苦味的细菌代谢产物。食用这种白萝卜可能导致腹泻、呕吐等食物中毒反应。
日常通过焯水可以去除白萝卜的部分苦味，焯水后萝卜中的部分淀粉会转化为葡萄糖，而白萝卜中的硫醇和黑 芥子苷等物质可转化为芥子油挥发，从而去除苦味及辛辣味。食盐或小苏打也可以用来去除白萝卜的苦味，食盐可以逼出萝卜肉质的水分，使萝卜容易入味；小苏打遇水能分解产生二氧化碳和水蒸气，带出萝卜中的异味。