虽然黑枸杞和红枸杞都属于茄科植物，但二者在营养成分上有所区别。一般情况下，黑枸杞所具有的营养成分比红枸杞略多。因此，通常同等重量的黑枸杞，营养价值会比红枸杞较高。
黑枸杞中含有较丰富的维生素C、胡萝卜素，同时还含有花青素、氨基酸、矿物质、碳水化合物等物质。其中花青素、维生素C等物质还能够起到一定的抗氧化效果。而红枸杞中虽然也含有类似含量的维生素C、胡萝卜素以及矿物质、氨基酸、碳水化合物等成分。但红枸杞通常不含有花青素，因此相对而言，营养价值相比黑枸杞较低。
在日常生活中，可以使用黑枸杞或者红枸杞泡水喝，可为机体补充部分营养成分。但无论是喝红枸杞还是黑枸杞，都建议使用开水浸泡，以利于营养成分尽可能地溶解于水中。在泡酒和泡茶的时候也可以加入一些，也有助于维持机体健康。