身体差可能会影响艾滋病窗口期，而不同的检测方式也可能会影响窗口期。身体差会影响无症状期的长短，缩短无症状期的时间，从而较快发展为艾滋病期。
艾滋病的窗口期是指HIV进入血液后到检测出HIV抗体之间的时期。临床上由于双抗体夹心法、酶联免疫吸附试验法等艾滋病抗体检测手段的出现，有助于缩短艾滋病的窗口期。世界卫生组织明确表示艾滋病窗口期为1周至6个月不等，如在第3周检测为阴性时，一般建议在第12周再进行复测。艾滋病的窗口期长短与身体差有一定的关系，可能会影响抗体检测的阳性率，需要更换检测方式或重复试验。
在窗口期虽然不能检测出HIV的抗体，但由于体内已经存在HIV，也会对机体造成一定的影响，并且具有传染性。在艾滋病窗口期也可能会引起一系列不适症状，如恶心、呕吐、皮疹、关节疼痛、淋巴结肿大等。随着病情的发展可进入无症状期，在此阶段由于身体差异、病毒量等方面不同，则可影响进入艾滋病期的时间。
此外，当确诊艾滋病后，需要积极遵医嘱进行抗病毒的治疗，如齐多夫定片、拉米夫定片等，有助于控制病情的发展。