进行肠镜检查时使用的全身麻醉一般对人体并无伤害。临床上在进行肠镜检查、胃镜检查等采用的全身麻醉药物为丙泊酚，丙泊酚具有见效快、消退快以及较安全的特点。
肠镜检查通常是使用纤维结肠镜或是纤维肠镜进行检查和诊疗，在此过程中会感到不适，需要进行全身麻醉。若术前经麻醉师评估可进行麻醉后，通常选用丙泊酚进行静脉注射。注射后多在1分钟之内起效，撤药后在5-10分钟内丙泊酚的麻醉效果消退，且此药在人体血液中基本没有残留，因此使用丙泊酚静脉全身麻醉，较为安全。进行全身麻醉后，医生会及时对患者生命体征进行观察，如是否出现缺氧、低血压、生命体征是否平稳等，使患者安全度过全身麻醉期，避免造成风险。
在进行肠镜检查前，医生会进行麻醉药物过敏评估，以避免术中出现过敏的风险。而且此类全身麻醉药物在临床上使用多年，不良风险和不良反应的几率较低，相对比较安全，通常对人体无伤害。