通常情况下，不建议吃帝王蟹内脏。由于帝王蟹内脏具有代谢功能，其中可能含有代谢废物和排泄物，甚至存在细菌等有害成分。如果吃帝王蟹内脏，代谢废物和有害成分可能一同进入体内，对胃肠道黏膜造成刺激，甚至引起胃肠炎等疾病。而且帝王蟹内脏中还可能存在较多寄生虫，如果没有煮熟，容易诱发寄生虫病，严重威胁生命健康。除此之外，帝王蟹内脏所含有的肉质较少，其中的营养物质较少，而且口感不佳。因此，吃帝王蟹时，通常建议去除内脏。
帝王蟹属于海鲜，热量相对较少，但是其中含有较为丰富的蛋白质，以及多种微量元素。适当吃帝王蟹，可以补充需要的营养和能量，而且不易引起身材肥胖。由于帝王蟹中含有一定嘌呤物质，多吃则容易诱发痛风。此外，饮食要荤素搭配，均衡营养，防止身体出现营养失衡或营养不良。