柠檬去皮泡水喝还有功效，但是可能会影响部分效果，所以在用柠檬泡水时，一般不需要特意削皮。在泡柠檬水时可以向其中适当添加一些蜂蜜或红糖，可以中和过酸的口感，这样可以减少对胃部造成的刺激，有利于维持身体健康。
柠檬本身含有比较多的维生素C，在泡水时，可以帮助人体摄入维生素C，并且还有一定的酸性，适量食用可以刺激胃部分泌胃酸，能起到一定开胃的效果。其果肉中的维生素C含量也较多，因此柠檬去皮泡水后，也能起到补充维生素C的效果。
柠檬皮中含有柠檬精油，具有扩张血管、促进消化、预防感冒的作用。如果将果皮去除，会导致柠檬精油数量减少，抗感冒、促消化、扩张血管的效果会有所下降，所以一般不用特意进行剥皮。
部分人群对柠檬过敏，饮用柠檬泡的水后，可能会导致皮肤出现红疹的情况，需要避免接触柠檬。如果症状比较严重，则需要在医生指导下使用抗过敏药物进行治疗，例如盐酸西替利嗪片、氯雷他定片等。