磁石作为一味中药，可与其他药材配伍而用于治疗肾虚肝盛所导致的心神不宁、失眠等，也可用于治疗肝肾两虚所致的头晕耳鸣等。但若患者大量摄入磁石，可能会出现脾胃不适、呕吐等副作用，特别是对于脾胃虚弱、孕妇等特殊人群，应谨慎应用。
1、脾胃不适：磁石本身性寒、味咸且不易消化，大量摄入可能会导致患者出现腹痛、腹胀等症状，而对于脾胃虚弱患者，或患有胃部疾病的患者，若过量服用，可能会加重腹痛、腹泻等胃部不适的症状；
2、呕吐：磁石具有一定的催吐效果，所以如果患者需要用到该药物，应在中医指导下选择合适剂量以及配伍其他中药应用，避免过量服用导致出现呕吐等不适。
通常患者服用时需选用经过炮制后的磁石，并且需要在医生指导下，根据患者的症状配伍其他中药一并煎服，而且需要注意用量。此外，孕妇也应尽量避免应用此类药物，以免对胎儿造成影响。部分人认为磁石具有较大的毒副作用，但该说法暂无科学依据，患者严格遵照中医指导使用此类药物即可，无需过于担心。