导致脚底起小水泡很痒的原因，多数是由真菌感染造成的足癣、汗疱疹、湿疹、接触性皮炎等，建议先去医院皮肤科检查，应该根据具体病因采取相应的治疗措施。
1、足癣：主要是由于足部浅表真菌感染造成的病变，夏秋季发病率较高。脚底起小水泡很痒，有可能是水疱型足癣，会造成局部皮下存在的水泡，并且小水泡里面的液体清澈、疱壁较厚、不易破溃。可以外用硝酸咪康唑软膏进行治疗，同时注意保持皮肤的清洁卫生，穿透气性较好的鞋子；
2、汗疱疹：病因及发病机制尚不明确，常呈季节性发作，部分患者发病可能和精神压力过大、过敏等因素有关，其典型的表现为手掌脚底、指趾屈侧、指间等处，弥漫分布针头至米粒大小的小水泡，伴有瘙痒或灼痛感，同时可出现手足多汗的症状。该病具有一定的自限性，病程可持续数周或数月自愈，但易复发，可外用炉甘石洗剂局部涂抹，缓解瘙痒的症状，小水泡破损后可用糖皮质激素药物局部外涂，如醋酸曲安奈德尿素软膏等进行治疗；
3、湿疹：由内外多种因素刺激造成，具有明显渗出倾向的炎性反应，足底的皮肤有可能不透气，再加上感染因素、过敏原因等，有可能诱发湿疹，会造成脚底起小水泡很痒的症状。要避免热水烫洗和过度挠抓，可以外用炉甘石洗剂，或者口服氯雷他定、盐酸西替利嗪等药物缓解症状；
4、接触性皮炎：比如足底接触到致敏物，也有可能会引起局部的接触性皮炎，造成脚底起小水泡很痒的症状，和接触过的面积相一致。在避免接触致敏物后，有可能会自行恢复，不能缓解时可以外用炉甘石洗剂，或者复方醋酸地塞米松乳膏等药物治疗。