甘氨酸镁和柠檬酸镁的区别在于构成不同、作用不同，以及其他不同，若患者身体缺镁需要补充镁元素，应提前到医院的内科就诊，进行血清镁测定等检查，并在医生指导下选用合适的类型。
1、构成不同：甘氨酸镁是甘氨酸的镁盐，对于人体维系神经系统功能的正常有着重要作用，可以帮助维护身体内镁的平衡。柠檬酸镁是由碳酸镁、柠檬酸两种物质构成，属于具有药用价值的化学试剂，其中富含镁元素；
2、作用不同：甘氨酸镁对于呕吐、腹泻、胃肠炎以及和肾相关的一些疾病，都具有一定的抑制作用，甘氨酸镁对于大脑也会起到镇静作用，有助于改善自身的作息时间，对于预防人体出现骨质疏松也有一定的作用。而柠檬酸镁具有吸收组织内水的作用，可在手术时使用柠檬酸镁，可以利用柠檬酸镁吸收组织内水的特性，来对肠道起到清空作用，同时柠檬酸镁还具有治疗便秘，以及与直肠癌相关疾病的作用，对于肾结石也有一定的预防功能；
3、其他不同：甘氨酸镁是通过氨基酸的方式吸收到人体内部，而柠檬酸镁则是通过渗透来从组织内吸水。
甘氨酸镁和柠檬酸镁的区别要根据具体情况做具体分析 ，建议在相关医生指导下做出合理区分，避免盲目应用药物。