在中医上，常使用火麻仁治疗呕逆、大便不通、大便数少、小便不利、虚劳、下焦虚热、骨节烦疼、肌肉急，以及产后血不去等病证，其主要作用为润燥滑肠通便，可以用于防止术后大便干燥。但长期服用火麻仁会存在副作用，包括引起消化道不适、加重肾脏负担，以及产生中毒反应。
1、引起消化道不适：火麻仁中的脂肪油能刺激肠黏膜，使其分泌增多、蠕动加快，并减少大肠吸收的水分，故有泻下作用。但如果脾胃虚寒的人群长期大量服用火麻仁，可能会伤及胃肠，导致大便稀溏、腹泻等消化道不适的症状；
2、加重肾脏负担：由于服用火麻仁后会经由肾脏代谢，因此长期服用可能会加重肾脏的负担；
3、产生中毒反应：由于火麻仁含有大麻酚类物质，其对神经系统可以起到强烈的致幻作用。因此长期大量服用火麻仁后会有中毒的危险，患者可能会出现恶心、呕吐、腹泻、手脚发麻、精神紊乱、瞳孔散大等症状。
此外，孕妇要慎用火麻仁，服用后可能会刺激子宫收缩，从而导致流产、早产的现象。建议便秘的患者要多吃含纤维素丰富的食物，如新鲜的水果和蔬菜，包括柚子、香蕉、菠菜、芹菜等，以及 多饮水，以软化粪便，从而促进排便，并进行适当的运动，如仰卧起坐、骑自行车等，以促进胃肠蠕动，而不要长期依赖于药物的作用。