通常情况下，若是小血栓，如小于5mm，可能会自行消除，若是大血栓，如在10mm以上，一般不会自行消除，需要通过药物或手术进行治疗。建议出现血栓者及时前往血管外科就诊，完善血管造影检查、多普勒超声检查等，遵医嘱积极处理。
血栓指血管内由血液或成分凝集成的固体质块，对于血栓形成初期，可能体积较小，人体血液中会有纤维蛋白溶解系统，释放出纤维蛋白溶解酶原，可以将血栓溶解，继而被机体吸收，此时可以定期复查，无需特殊处理。
若血栓体积较大，此时机体可能无法自行溶解，需要通过药物治疗，如注射用尿激酶等溶栓药物，低分子肝素、华法林等抗凝药物，阿司匹林、氯吡格雷等抗血小板药物，可通过抑制血栓形成，帮助血栓自溶，避免病情进一步加重。另外，对陈旧性血栓经内科治疗效果不佳而侧支循环形成不良者，可考虑手术治疗，即手术开通或绕过闭塞段血管或切除栓塞血管段并重新吻合。
血栓的预后受年龄、基础疾病、是否出现合并症、自身体质等多种因素影响。若患者体质良好、无基础疾病，小的新鲜血栓可被快速完全溶解，大的血栓也会发生部分软化。但若患者年龄大、合并有基础疾病等，可能会使血栓机化、钙化，严重影响血液流通，若发生在心、脑等循环部位，常可危及生命，需积极治疗。