龟鹿二胶丸和龟鹿补肾丸中都有鹿角胶和龟板胶的成分，在补肾方面有类似效果，适用于肾阳虚的人群使用，而这两种药的区别在于药物组成、功效、主治等方面。
1、药物组成：龟鹿二胶丸主要由龟板胶、鹿角胶、补骨脂、续断、熟地黄、白芍、当归、杜仲、巴戟天、山药、麦冬等药物组成；龟鹿补肾丸主要由鹿角胶、龟板胶、菟丝子、淫羊藿、锁阳、狗脊、酸枣仁、何首乌、陈皮等药物组成；
2、功效：龟鹿二胶丸的功效主要是温补肾阳、填精益髓；龟鹿补肾丸的功效主要是壮筋骨、益气血、补肾壮阳；
3、主治：龟鹿二胶丸主治肾阳亏虚、气血不足所导致的腰膝酸软、神疲无力、头晕耳鸣、多尿、畏寒肢冷、大便稀溏、五更泄泻，以及阳痿早泄、梦遗滑精等病证；龟鹿补肾丸主治身体虚弱、腰腿酸软、头晕目眩、性欲减退、夜尿频多、健忘失眠等病证。
另外，龟鹿二胶丸和龟鹿补肾丸应由医生辨证论治后再使用，不可自行使用，以免治疗不当而出现不适症状。