对人体有益的细菌被称为有益菌或益生菌，主要分布于皮肤表面、呼吸道、消化道等部位。具有改善肠道菌群生态平衡的作用，能够帮助提高人体的健康水平和健康状态，常见的有益菌如下：
1、乳酸菌类：乳酸菌可以发酵降解部分脂肪，还可在代谢过程中合成维生素B族，为人体提供营养物质，又能缓解因菌群失衡而引起的腹胀、腹泻等症状；
2、双歧杆菌：可以促进维生素D和铁、蛋白质的吸收，还能抑制大肠埃希菌、沙门菌等致病菌的生长；
3、干酪乳杆菌：可以帮助降低血脂和胆固醇，抵抗肠道病菌，还能够防止食物过敏和急性腹泻；
4、酵母菌：可以帮助减少抗生素对人体的伤害，改善便秘，有助于避免腹胀发生的风险。
这些有益菌可构成微生物屏障，能够参与物质代谢、营养转化，以及生物合成。另外还能促进生长发育与神经系统的正常运转，提供各种必需的神经递质。如果有益菌减少，则可能造成菌群失衡、免疫力低下。