日常生活中，适量摄入菊粉，通常不会对机体造成明显副作用。但若一次性大量摄入菊粉，则可能引起胃肠不适等副作用。
1、有害：部分研究表明，大量菊粉会在肠道内发酵，并产生二氧化碳、甲烷等气体。因此如果人体一次性大量摄入菊粉，菊粉在胃肠道内发酵产气后，容易引起腹胀、腹泻等胃肠不适症状。但是随着机体对菊粉产生耐受性，多次食用菊粉后，菊粉可能会在结肠后部发酵，不良反应会有所缓解；
2、无害：菊粉为一种果聚糖，其中并没有毒性成分，也对胃肠没有明显刺激性。因此少量菊粉通常不会对人体造成危害性，适量摄入也不会出现明显副作用。菊粉常含有在蔬菜、水果当中，属于一种天然水溶性膳食纤维。人体适量摄入菊粉，可以刺激胃肠蠕动，促进消化，对机体通常具有有利影响。