流感疫苗和肺炎疫苗接种顺序没有严格规定。对于儿童，尤其是婴幼儿，如需接种上述两种疫苗，应遵循儿科专科医生意见。
流感疫苗和肺炎疫苗属于两种疫苗。肺炎疫苗不分季节，随时可以接种，常见肺炎球菌多糖疫苗包含23种血清型的成分，可以覆盖经常引起肺炎球菌感染的23种类型，常年不分时段都可接种。流感疫苗接种时间比较局限，一般在流感多发的季节接种一次，免疫效果会维持一年左右，建议每年接种。
而对于成人，没有严格规定两种疫苗必须间隔接种。有大量的同时接种两种疫苗的情况，并没有观察到特殊的不良反应。如担心接种疫苗发生不良反应，间隔接种更加安全。