羊肚菌的营养价值较丰富，含有氨基酸、蛋白质、维生素、脂类等营养成分。羊肚菌的食用方法有多种，包括煎、炒、炖、蒸、焖、煲汤、红烧等烹饪方法，但是要注意做熟。羊肚菌的禁忌方面主要是注意食用量、禁忌人群等。
1、食用量：羊肚菌虽然营养价值较高，但避免一次摄入过多，以免对胃肠道造成负担引起不适症状，如腹胀、腹痛、腹泻等；
2、禁忌人群：羊肚菌属于食用菌，过敏体质的人食用后可能会诱发过敏反应，出现皮疹、皮肤瘙痒、腹泻、呕吐、呼吸困难等症状，此类人群应禁止食用羊肚菌；
3、其他方面：羊肚菌属于真菌类，保存不当容易发霉、变质，对于此类羊肚菌不能继续食用。羊肚菌干在晒干过程中容易污染，一定要注意清洗干净食用。晒干的羊肚菌要用水泡发，但不能用热水，也不宜用冷水，较适宜的水温是40℃左右，羊肚菌的营养成分不容易被破坏。