口腔体温计和腋下体温计都用于测量人体的基础体温，但口腔体温计和腋下体温计的种类、测量标准、测量时间、测量方法、适用范围，以及使用期间注意事项具有一定的区别。
1、种类不同：口腔体温计主要使用水银制成的体温计，而腋下体温计常用有水银及电子两种；
2、测量标准：口腔体温计测量正常值为36.3-37.2℃，腋下体温计正常值为36.0-37.0℃；
3、测量时间：口腔体温计测量时间大约需5分钟，腋下体温计测量时间在5-10分钟；
4、测量方法：口腔体温计测量时将温度计的水银头含入舌下，腋下体温计测量时需注意被测者上臂紧贴胸廓，使腋窝紧闭，形成人工体腔，机体内部的热量经过一定的时间逐渐传导至腋下，使腋下温度升高至接近于体核温度；
5、适用范围：口腔体温计使用比较方便，属于临床上常用的测温方法，而腋下温度在临床上和日常生活中，都被广泛应用；
6、注意事项：口腔温度易受呼吸及食物等因素的影响，测量时需注意避免这些干扰因素，此外，对于不能配合测量的人群，如哭闹的小儿和精神病患者，则不宜测量口腔温度。腋下体温计测量时， 需注意保持腋下干燥，并移走附近冷、热源。