富硒鸡蛋与土鸡蛋相比，营养成分各有差异，因此不能直接判断哪种鸡蛋营养更好。土鸡蛋指的是农家散养的土鸡所生的蛋，部分人群认为其营养价值比较高，但其主要含有蛋白质、脂肪、卵磷脂、维生素等营养物质，与普通鸡蛋的营养价值相差不大。而富硒鸡蛋是在蛋鸡在生产过程中，通过在日粮、饮水或肌肉注射等方式中添加微量元素硒，从而使鸡蛋中的硒浓度大于等于0.15mg/kg。
富硒鸡蛋与土鸡蛋相比，两者都具有普通鸡蛋的营养物质，只是一些营养物质的含量有所不同。其中土鸡蛋的脂肪和胆固醇含量通常较高，富硒鸡蛋中硒的含量较高，其他成分含量类似。因此，对于有补硒需求的人群，富硒鸡蛋提供的营养更好。而对于需要获取脂肪和胆固醇的人群，普通鸡蛋的营养更好，平时挑选鸡蛋可根据自身不同需求进行选择。
鸡蛋中普遍含有优质蛋白质，人体内蛋白质分解释放的氨基酸大部分可以被机体再利用，但也有一部分会丢失，婴幼儿、儿童、青少年、孕妇、哺乳期妇女还需要合成额外的蛋白质，以满足新组织、维持生长发育和乳汁分泌的需要。因此机体需要摄入蛋白质食物，如牛奶、牛肉、豆腐等。