生南瓜子和熟南瓜子的功效一般没有区别，属于同一种物质，熟南瓜子主要通过生南瓜子翻炒制作而来，两者营养成分一样，未发生改变。
南瓜子含有膳食纤维素，可以辅助胃肠道的蠕动，有助于缓解便秘，但是只能起到辅助的效果，不能作为药物来使用，如果出现疾病，还需要到医院治疗。同时南瓜子中的营养成分含量也比较高，含有大量的矿物质元素，比如钙、锌、钾，同时含有脂肪、蛋白质、维生素B、维生素C、维生素A等成分，可以为人体提供所需要的营养。
南瓜子中也含有热量，而且油脂含量较高，身体肥胖的人群需要控制好摄入量，避免过多摄入后导致体内热量增加，出现肥胖的问题，且不利于减肥。同时注意食用南瓜子时，用手剥壳，避免经常用牙齿嗑南瓜子，以免损伤口腔黏膜。