黑豆纳豆是由黑豆通过纳豆菌(枯草杆菌)发酵制成的豆制品，黄豆纳豆是由黄豆通过纳豆菌(枯草杆菌)发酵制成的豆制品，两者相比较而言，并没有哪个更营养的说法，营养价值均较为丰富。
黄豆纳豆不仅保有黄豆的营养价值，富含维生素K2，蛋白质的消化吸收率比较高，更重要的是在发酵过程产生多种生理活性物质，具有溶解体内纤维蛋白及调节生理机能的保健作用。黄豆纳豆含有黄豆全部营养和发酵后增加的特殊养分，比如皂素、异黄酮、不饱和脂肪酸、卵磷脂、叶酸、食用纤维、钙、铁、钾、维生素及多种氨基酸。适量食用可为身体补充较为均衡的营养，有利于骨骼的健康发育，能在一定程度上帮助预防或缓解缺铁性贫血。
黑豆纳豆含有维生素K、维生素E等维生素，同时含有卵磷脂、皂苷、异黄酮等成分，吃黑豆纳豆有利于多种营养物质的补充，其营养价值与黄豆纳豆相似。黄豆纳豆、黑豆纳豆中均含有丰富的膳食纤维，食用后可刺激胃肠道蠕动，加快身体的新陈代谢，具有润肠通便的功效，对维持肠道菌群平衡有利，可促进胃肠道健康。
需注意黄豆纳豆、黑豆纳豆嘌呤含量高，高尿酸血症人群应减少食用，而且纳豆的蛋白质含量较高，大量吃不易消化，因此不宜多食。若食用后出现腹胀、腹痛等症状，建议前往医院消化内科或营养科就诊，完善视诊、胃肠镜等检查，明确具体的原因。