若新鲜羊肚菌仅短时间内存放于冷藏室，如1-2天，且外观保持原状、气味正常，则仍可安全食用。但一旦存放时间超过3-5天，特别是在非理想保存条件下，羊肚菌的外观与气味均可能发生显著变化，此时食用可能带来健康风险。
如果新鲜羊肚菌存放时间较短，比如在冰箱冷藏室放置1-2天，在外观上，羊肚菌依然保持着原有的形状，菌盖的褶皱清晰，菌柄没有软烂现象，气味上仍然散发着羊肚菌特有的清香，这种情况下羊肚菌是可以食用的。
因为在适宜的低温环境下，短时间内羊肚菌的细胞结构和营养成分没有遭到明显破坏，其内部的生理活动处于较为缓慢的状态，能够较好地保持新鲜度和营养价值。
但如果新鲜羊肚菌存放了较长时间，在非理想保存条件下存放超过3-5天，可能会出现一些明显的外观变化。菌盖可能会开始变干、萎缩，褶皱变得不那么明显，菌柄也可能出现软化、发粘的现象。这表明羊肚菌的细胞开始失水，细胞结构遭到一定程度的破坏。
随着存放时间延长，羊肚菌的气味也会发生改变。原本的清香可能会减弱，甚至开始出现轻微的霉味或者异味。这可能是由于微生物开始滋生，分解羊肚菌中的营养物质所导致的。
当羊肚菌出现上述外观和气味变化时，食用是有风险的。即使表面看起来变化不大，但如果有异味，就意味着已经有微生物滋生或者化学变化发生。食用这样的羊肚菌可能会引起肠胃不适，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。
为了保证食品安全和营养，建议在购买新鲜羊肚菌后尽快食用，如果无法及时食用，应选择合适的方法进行保存，如冷藏或冷冻，以延长其保质期。在食用前，一定要仔细检查羊肚菌的外观、气味和质地，确保其没有变质。