直肠癌免疫组化检查的目的是对直肠癌的病理分型和组织学分类做进一步的诊断，常见的检查项目是PMS2、MLH1、MSH2、MSH6、Ki67、CDX-2等，不同的检查项目，具有不同的目的。
1、PMS2、MLH1、MSH2、MSH6：若四者均为阳性，提示微卫星稳定。若其中一种或两种蛋白为阴性，则表明微卫星不稳定。微卫星的稳定情况主要是判断患者的预后。微卫星越稳定，患者的预后越好，微卫星越不稳定，患者的预后较差；
2、Ki67：主要是反映肿瘤细胞的增殖情况，数值越高，表明患者的肿瘤细胞增生越快，而肿瘤细胞生长越快，则预后越差；
3、CDX-2：主要是在胃肠道的肿瘤中具有很高的表达性，多数直肠癌病理组织可以通过CDX-2检测发现，所以CDX-2可用来鉴别诊断直肠癌。
直肠癌患者的具体免疫组化结果，还需要在医生的指导下进行分析，医生还会结合患者临床症状，来决定疾病的严重程度与预后，不能仅单纯依靠免疫组化分析来判断。