临床中较少研究药物的副作用，多以不良反应的形式加以体现，脑心通胶囊的不良反应尚不明确，部分患者可能会有轻度脾胃不适以及皮肤异常等不良反应。药物的禁忌主要是孕妇禁用，不可以和含有藜芦的药物同用。
一、不良反应：
1、胃肠不适：该药物具有一定的刺激性，服用后可能造成轻微脾胃损伤，出现恶心、腹痛、腹胀、腹泻、口干等不适症状。若脾胃虚弱者服用该药物后不适症状会更加明显，可以在饭后服用，有助于不适症状改善；
2、其他：同时若自身体质特殊，可能在服用药物后出现皮肤异常的现象，如瘙痒、皮疹、潮红等，部分患者可能会出现呼吸困难、头晕、头痛、心悸等症状，建议及时到中医科就诊，在医生建议下调整治疗方案。
二、禁忌：
1、禁忌人群：药物成分中含有红花、牛膝，具有活血作用的药物，孕妇如果服用后会加速气血运行，容易造成滑胎的现象，所以孕妇不宜服用脑心通胶囊；
2、禁忌药物：脑心通胶囊中含有丹参、赤芍，此类药物不可与含有藜芦的药物同用，会降低治疗效果，同时容易产生相互作用出现毒副反应，出现恶心、呕吐、腹泻等 不适症状。
此外，从现代医学角度分析，该药物具有活血作用，可以促进血液循环，因此若存在出血倾向、凝血功能异常，以及经期女性应谨慎使用，容易出现异常出血的现象，不利于身体健康。