由于亚麻籽油中含有大量不饱和脂肪酸，其在100-200℃高温条件下容易生成酮、醛类等有害化合物和聚合物，因此亚麻籽油高温后一般不建议再吃。
长时间的高温煎炸过程容易使亚麻籽油发生氧化酸败，继而导致亚麻籽油中的营养物质受到一定破坏，影响油脂整体品质，因此一般在使用亚麻籽油时建议选择低温烹饪的方式，比如凉拌等。这样亚麻籽油中的营养成分不会遭到破坏，也不会生成有害物质对人体健康造成影响。
亚麻籽油是由亚麻籽等原材料加工制作而成，营养价值高，其中含有脂肪、单不饱和脂肪酸、多不饱和脂肪酸等多种营养物质，以及维生素E、维生素K等多种维生素，还含有钙、磷等多种矿物质成分。适量吃亚麻籽油具有补充人体消耗所需的营养物质及能量的作用，但应避免一次性吃太多，以免增加胃肠道负担，引起消化不良，出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等肠胃不适症。
另外还需注意，高脂血症的人群应尽量避免吃太多亚麻籽油，因为其脂肪含量高，吃多了会影响疾病控制。