医院负压洗鼻子的副作用主要有黏膜损伤和中耳损伤，一般是操作不当引起的，但较少见，且损伤程度较小，患者不用过于担心，积极配合医生进行操作即可。
1、黏膜损伤：医院负压洗鼻子时，如果压力过大，或者患者本身鼻腔黏膜较脆弱，或者鼻腔内有炎症等，可能会造成鼻腔黏膜损伤，出现糜烂、出血等情况。如果造成损伤，通过休息或遵医嘱局部涂抹药膏，如红霉素软膏等，通常能较快得到修复；
2、中耳损伤：医院负压洗鼻子，需要使冲洗液在鼻腔内循环一圈，将部分分泌物冲洗出来。操作过程可能使患者有局部酸胀等不适感，引起吞咽等导致鼻子后肌肉发生运动的动作，使鼻子后的咽鼓管、咽口处于开放状态，造成冲洗液进入咽鼓管内，并进入中耳腔内，导致中耳腔内发生炎症。所以在进行操作时，患者应尽量不讲话、不吞咽，可以有效避免引起中耳炎。