目前并没有相关文献证明，酱油在高温下会有毒，但是如果加热到发焦时可能产生有毒物质。所以不建议将酱油在高温下长时间熬制，且需要将酱油储存在阴凉干燥的环境中，以免导致酱油成分分解。
酱油中含有可溶性蛋白质、氨基酸、糖等多种营养物质，具有调味的作用。大豆是酱油的主要原料，含有植物雌激素、蛋白质等成分，如果酱油长期处于高温环境下，可能会破坏其中成分，引起部分营养流失的现象，影响酱油的口感。所以在进行烹饪时，可以少量放入酱油，提高菜品的口感，并增加食物的营养。如果发现酱油被高温加工过，不建议再进食此类酱油。
如果酱油储存不当，酱油中的大豆成分可能会逐渐变质，并产生黄曲霉毒素，而黄曲霉毒素对人体有明显的致癌作用，进食后可能会增加癌症的发生风险，所以要注意密封保存，且要注意酱油的保质期，出现过期的情况时不建议再食用，以免影响身体健康。