口腔上腭有个凸起软包疼，可能是口腔囊肿、根尖周炎、口腔单纯疱疹、牙周肿胀、智齿冠周炎、其他原因导致。需要根据不同的病因，在医生的指导下进行针对性治疗。
1、口腔囊肿：可能是因为黏液腺导管堵塞或缺乏维生素C等因素导致，由于黏液腺导管的堵塞，会造成黏液凝滞或导管断裂，从而影响黏液正常的排出，可能会出现口腔上腭有个凸起，伴有疼痛症状，患者可通过手术切除的方式进行治疗；
2、根尖周炎：可能是由于物理刺激、感染或免疫因素导致，若长期没有进行过牙齿的治疗，会使根尖部的炎性分泌物破坏牙槽骨，在上腭处形成脓包，并伴有疼痛，患者可在医生指导下开髓引流；
3、口腔单纯疱疹：是一种由Ⅰ型单纯疱疹病毒引发的口腔黏膜疾病，由于病毒侵袭口腔内部，可出现丛集成簇的针头至米粒大小的透明小水疱，并伴有红肿、疼痛，患者可在医生指导下使用阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等药物进行治疗；
4、牙周脓肿：由于患者长期食用硬物，或患有牙周炎引起，如果局部有细菌侵入，容易引起局部牙周感染，造成局部脓肿，牙龈肿胀、发软、疼痛，可能出现牙龈肿大，像疙瘩，患者可在医生指导下使用复方氯己定含漱液、甲硝唑片等药物进行治疗；
5、智齿冠周炎：多由于智齿萌出不足、细菌感染等引起智齿冠周炎，会使牙龈瓣与牙冠之间形成盲袋，由于食物残渣滋生比较多的细菌，会导致牙龈组织受损，可能会出现口腔上腭有个软包，伴有疼痛感。患者应及时切开引流并放置引流条，控制炎症扩散，炎症消退后可手术拔除智齿；
6、其他原因：像颚隆突、球菌性口炎、口腔尖锐湿疣、口腔乳头状瘤、口腔黏膜下小唾液腺肿瘤、根尖囊肿、牙龈囊肿等，也会引起口腔上腭有个凸起软包伴疼痛。以口腔尖锐湿疣为例，人乳头瘤病毒感染可引发尖锐湿疣，由于病毒感染，会在口腔内出现隆起，呈米粒、绿豆至黄豆大小，为乳头状、鸡冠状、菜花状，可遵医嘱使用注射用人干扰素α1b等药物缓解。
若患者上述症状持续不缓解，应及时到口腔科就诊，完善视诊、血常规、X线检查等，明确诊断。患者应避免咬伤局部，以免出现继发感染，同时要注意口腔卫生，早晚刷牙，有助于缓解自身症状。