大蒜表皮发霉后，里面的蒜通常也不建议食用。由于霉菌可能已经渗透到内部蒜瓣，并产生有毒代谢产物，食用这样的大蒜存在较大的食品安全隐患。
霉菌是一种微生物，其菌丝具有一定的穿透能力。当大蒜表皮发霉时，霉菌的菌丝可能已经开始向大蒜内部蔓延，尽管从外观上看内部似乎没有受到影响，但实际上可能已经被霉菌污染。霉菌的菌丝可以通过大蒜蒜瓣之间的缝隙，或者细胞间隙逐渐深入内部，在微观层面上对大蒜的细胞结构和化学成分进行破坏。
霉菌在生长过程中会产生霉菌毒素，是霉菌的次生代谢产物，即使在大蒜内部没有明显发霉迹象的情况下，一旦表皮发霉，有可能存在霉菌毒素的污染。不同种类的霉菌可能产生不同类型的毒素，可能会干扰人体的新陈代谢、免疫系统和神经系统等。
为了避免大蒜发霉，在购买大蒜时要注意适量，购买后要将大蒜放在干燥、通风的阴凉处储，。干燥的环境可以减少霉菌生长所需的水分，通风良好则能降低环境中的湿度，正常的大蒜一般水分充盈且外观光滑，并不会出现表皮发霉的现象。