菠萝蜜发黑是否能吃取决于其发黑的原因和整体状况，如果菠萝蜜仅仅是因为过度成熟而发黑，且整体状况良好，可以考虑去除发黑部分后食用；但如果是因为腐败变质而发黑，则必须立即丢弃，以免对身体健康造成危害。
菠萝蜜发黑可能是由多种因素导致的，最常见的原因之一是过度成熟或长时间储存导致的自然氧化，在此种情况下，菠萝蜜的果肉可能会因为与空气中的氧气接触而发生化学反应，导致颜色变深，甚至出现黑色斑点。发黑通常是均匀的，且不会伴随强烈的异味或腐烂现象。
如果菠萝蜜仅仅是因为过度成熟而发黑，且整体状况良好，没有腐烂或霉变的迹象，在去除发黑部分后，理论上仍然是可以食用的。但需要注意的是，发黑的果肉可能口感和风味会受到影响，且营养价值也可能有所降低。
当菠萝蜜受到细菌、霉菌等微生物的侵袭时，其果肉会迅速分解，产生有害的代谢产物，导致颜色变黑、质地变软、散发出难闻的气味。此种发黑是不均匀的，往往伴随着明显的腐烂现象，如软烂、凹陷、汁液渗出等。如果菠萝蜜是因为腐败变质而发黑，绝对不能食用，因为其中可能含有大量有害的细菌和毒素，对人体健康构成严重威胁。
在无法确定具体原因的情况下，为了安全起见，最好不要食用发黑的菠萝蜜，也应该注意合理储存菠萝蜜，避免其长时间暴露在空气中或受到微生物的污染。