盐酸氨基葡萄糖胶囊是药物，而氨糖软骨素是保健药品，没有严格的药物标准，虽然都可用于治疗关节炎，但在药物成分和作用机制两方面有很大的不同。
1、成分不同：盐酸氨基葡萄糖胶囊主要的成分是盐酸氨基葡萄糖，而氨糖软骨素除了含有氨基葡萄糖，还添加了硫酸软骨素等物质；
2、作用机制不同：盐酸氨基葡萄糖是存在于机体内，尤其是关节软骨中的氨基单糖，它是关节滑液、软骨基质等器官、组织的组成原料，具有抗炎及保护、营养关节和软骨的作用。而氨糖软骨素除了有盐酸氨基葡萄糖的同样作用外，其中所含的硫酸软骨素可以抑制软骨基质的破坏，改善关节软骨的微环境。
需注意的是，这两种药物只能延缓或者抑制软骨破坏的速度，但对软骨的修复、重建、再生并没有作用，所以对于中晚期的骨关节炎患者，仅能作为辅助用药治疗，在治疗的同时还需要采取其他的治疗手段，如手术治疗，才能对关节炎有相对较稳妥和完善的治疗。