肥肠的热量相对较高，每100g肥肠的热量为191-200kcal，属于高热量、高脂肪、高嘌呤食物。烹饪肥肠的过程中常加入各种调料，如糖、辣椒或各种配菜等，也会增加热量。各种做法可以使肥肠色香味俱佳，增进人的食欲，促使进食其他食物，包括米饭及配菜等。长此以往容易导致肥胖，不利于身体健康。对于正在减肥需要控制体重的人群，建议少吃肥肠之类的高热量食物，同时需要适当运动、多吃蔬菜等。
此外，肥肠热量相对比较高的原因主要是富含脂肪，包括多种人体必需脂肪酸，其中饱和脂肪酸含量较高。如果饱和脂肪酸的过度摄入，就有可能增加身体的脂质代谢负担，影响身体健康。可能会增加高脂血症、糖尿病、冠心病、动脉粥样硬化及脑梗死等的风险。对于老年人以及既往存在心血管基础疾病的人群，过量食用肥肠还可能加速心血管中的脂肪斑块形成，以及诱发其他疾病，如高血压、高血脂，因此不建议过多进食肥肠。