胱抑素C主要的临床意义是反应肾小球滤过率，属于评估肾脏功能的检查指标，通常比肌酐有更高的特异性和敏感性。
一般胱抑素C存在于各种组织的有核细胞内，不受性别、年龄、饮食和肌肉量的影响，也较少受到其它疾病例如炎症、肿瘤的影响，产生率相对稳定。所以选择胱抑素C作为标志物，测定肾小球的滤过率，结果通常比较准确。
如果出现胱抑素C水平异常，常见为血胱抑素C升高，具体的临床意义包括提示肾功能受损和急慢性排斥反应。
1、肾功能受损：血胱抑素C水平可随肾小球滤过率变化而变化，如果肾功能衰竭，血胱抑素C可能升高十余倍。而如果肾小球滤过率正常，而肾小管功能异常时，会阻碍胱抑素C的分解吸收，可能导致尿胱抑素C呈百倍的升高。例如糖尿病肾损害的患者，通过胱抑素C检出的敏感度约为40%，而特异性可以接近100%。所以患者需要定期检测胱抑素C的浓度变化，观察糖尿病微血管病变的情况；
2、急慢性排斥反应：主要是肾移植术后的患者，因为移植肾发生急性排斥反应时，血胱抑素C的升高比血肌酐更为早期、更为明显，所以胱抑素C可以较早检出肾功能的情况，便于及早采取干预措施。