牙根尖囊肿和脓肿都属于根尖周炎，分别即区别主要包括性质不同、表现不同、治疗方法不同等。根尖周炎是指由于龋病、牙髓炎、牙外伤等原因导致的牙齿根尖周组织的炎症，需要积极进行预防和治疗。
1、性质不同：牙根尖囊肿由根尖周肉芽肿演变而来，根尖孔周围在发育期遗留的上皮残余，可因慢性炎症的刺激逐渐生长为上皮团，上皮团中央因缺乏营养发生变性、坏死、液化，逐渐形成囊肿，表面为囊壁，内含囊液，属于一种颌骨瘤样病变。牙根尖脓肿是因为细菌毒力增强，机体抵抗力下降，根尖周炎症持续积聚，组织细胞液化坏死形成脓液，积聚在根尖区；
2、表现不同：牙根尖囊肿属于慢性根尖周炎，一般无明显临床症状，囊肿较大时，可自觉根尖部牙龈、黏膜凸起、膨隆，有乒乓球样感觉，X线片检查时可见根尖区暗影，周围有致密骨白线包绕。牙根尖脓肿多为急性根尖周炎，少数为慢性根尖周炎急剧发作，可有牙齿明显的阵发痛、咬合痛、胀痛，不易缓解，症状严重时可伴有全身症状如发热、畏寒、食欲不振、精神萎靡等，脓肿压力太大时，可以突破黏骨膜而形成根尖周瘘道，有脓液溢出；
3、治疗方法不同：牙根尖囊肿需要对患牙进行根管治疗，然后通过外科手术彻底刮除囊肿和残余囊壁，防止囊肿复发。而牙根尖周脓肿需要及时对患牙开髓引流，引流出脓液，必要时在局麻下进行脓肿切开引流，然后对患牙进行根管治疗，彻底消除炎症。